Galatasaray (2. dönem)
Galatasaray’ın rahmetli başkanlarından Özhan Canaydın, 2002-03 sezonu öncesinde takımı Fatih Terim’e emanet etti. Sarı-kırmızılılar Şampiyonlar Ligi’ne 2-0’lık Lokomotiv Moskova galibiyetiyle iyi başlasa da daha sonra Barcelona, Club Brugge mağlubiyetleriyle sadece 4 puan toplayabildi. Ligde şampiyonluk umutlarını 33. haftadaki Beşiktaş mücadelesine kadar taşıyan sarı-kırmızılılar, Sergen Yalçın’ın son dakikalarda attığı golle kaybetti.
Ertesi sezon da beklentileri karşılamaktan uzak bir görüntü çizen “İmparator” lakaplı çalıştırıcı, ligde de üst üste puan kayıpları ile yarıştan kopan Galatasaray’dan ayrılma kararı aldı.
Ayrıca bu sezonda ezeli rakip Fenerbahçe’ye karşı alınan 6-0’lık farkı yenilgi de akıllardan silinmedi.
Galatasaray’la 2003-04 sezonuna kötü başlayan Fatih Terim, ligde alınan başarısız sonuçlara ek olarak, Türkiye Kupası’na Çaykur Rizespor’a 5-0 yenilerek veda ederken, Avrupa’da yine bekleneni veremedi. Şampiyonlar Ligi grubunu 3. sırada tamamlayarak 2000 yılında olduğu gibi yine UEFA Kupası’na giden sarı-kırmızılı takımın, ümitlerin yeniden canlandığı bu kulvardaki ilk rakibi Villarreal’e turu vermesi sonrası Terim’den de ayrılık sinyalleri geldi.
Sezonun tamamlanmasına 8 hafta varken görevini bırakmak zorunda kalan Fatih Terim, sarı-kırmızılı ekipteki 2. dönemini bu şekilde tamamlamış oldu.
Terim’in ardından son haftalarda teknik direktörlük görevine, sarı-kırmızılı ekipte futbolculuğuyla efsane olmuş Gheorghe Hagi getirildi ancak sezonu 6. olarak bitirebilen Galatasaray, 2004-05 sezonunda Avrupa kupalarına dahi katılamadı.
Milli Takım (2. dönem)
Haziran 2005 yılında tekrar Türkiye millî futbol takımının başına geçti. Ersun Yanal yönetiminde 2006 FIFA Dünya Kupası elemelerine kötü başlayan Türkiye millî takımında Terim ilk değişikliği Yanal’dan veto yiyen Hakan Şükür’ü tekrar kadroya alarak yaptı. Türkiye ilk grup eleme maçında Danimarka ile son dakikada yediği golle berabere kalsa da 4 gün sonra namağlup grup lideri Ukrayna’yı 1-0 yenerek tekrar potaya girdi. Son maçta Arnavutluk’u da aynı skorla yenen takım grubu ikinci bitirip play-off turuna yükseldi. Bu turda İsviçre’yle eşleşen Türkiye, deplasmanda oynadığı ilk maçı 2-0 kaybetti, 16 Kasım 2005 tarihinde oldukça çekişmeli geçen maçı 4-2 kazanmasına karşın, kendi sahasında yediği goller nedeniyle evde kalan taraf oldu.[21] Maç sonrası çıkan iki takım arasında çıkan kavga maç skorunun önüne geçti. FIFA tarafından verilen cezalarda ise Terim’in adı yer almadı.
7 Şubat 2007 tarihinde Gürcistan maçıyla 55. kez takımın başında sahaya çıkarak, Coşkun Özarı’nın rekorunu kırdı. 2008 Avrupa Futbol Şampiyonası elemeleri süresince aldığı mağlubiyetler ve beraberliklerden sorumlu tutuldu. Fakat daha sonrasında elde ettiği Norveç ve Bosna-Hersek galibiyetleriyle Türkiye millî takımını Avusturya ve İsviçre’de yapılacak olan 2008 Avrupa Futbol Şampiyonası finallerine götürdü. Galatasaray ve Fenerbahçe ağırlık bir kadro ile Avrupa Şampiyonası’na giden Türkiye, ilk maçında Portekiz’e mağlup olsa da İsviçre ve Çek Cumhuriyeti karşısında yaptığı geri dönüşlerle çeyrek finale çıkmayı başardı. Çeyrek finalde Hırvatistan’ı penaltılarla geçen Türkiye, tarihinde ilk kez bu turnuvada yarı finale yükseldi. Yarı finalde sakatlıklar nedeniyle tam kadro sahaya çıkamamasına rağmen Türkiye, Almanya’yı zorladı ve son dakikalarda yediği golle 3-2 yenilerek elendi ve o sonuçla da Türkiye 2008 Avrupa Futbol Şampiyonası’nda 3. oldu. Fatih Terim, bu turnuvanın en iyi teknik direktörü seçildi.
2008 Avrupa Futbol Şampiyonası’nda Fatih Terim turnuvanın en iyi teknik direktörü seçildi.
2010 FIFA Dünya Kupası elemeleri’nde de takımı yönetmeye devam etti. Ancak İspanya ve Bosna-Hersek’in ardından üçüncü olan Türkiye millî futbol takımını 2010 FIFA Dünya Kupası’na taşıyamadığı için 19 Ekim 2009 tarihinde basın toplantısı düzenleyerek görevinden ayrıldığını açıkladı.
